ค่ายแทนคุณ ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2552 มีประวัติความเป็นมาโดยสังเขปดังนี้
พื้นที่โครงการพัฒนาบ้านโปงอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จำนวน 3,686 ไร่ เป็นพื้นที่ดำเนินกิจกรรมการอนุรักษ์ทรัพยากรดิน น้ำ ป่า โดยชุมชนบ้านโปง และมหาวิทยาลัยแม่โจ้ และได้ดำเนินกิจกรรมการท่องเที่ยวเชิงนิเวศ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2542 เป็นต้นมา โดยมี อ.ทรงศักดิ์ ภู่น้อย ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโครงการศูนย์พัฒนาการท่องเที่ยวเกษตรเชิงนิเวศ
วันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2551 อ.มิ่งขวัญ แดงสุวรรณ ได้รับการแต่งตั้งให้เข้ามาปฏิบัติหน้าที่ในตำแหน่ง นักวิชาการศึกษา สังกัดสำนักฟาร์มมหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยแม่โจ้ ได้สรุปข้อมูลจากการดำเนินกิจกรรมการท่องเที่ยว และจากสภาพพื้นที่ของโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ประกอบกับพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชกระแสรับสั่งให้มหาวิทยาลัยแม่โจ้ พัฒนาอาชีพราษฎร และให้ร่วมกันอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติโดยเฉพาะป่าไม้ จึงได้มีแนวคิดในการจัดตั้งค่าย แทนคุณ เพื่อดำเนินกิจกรรมค่ายพักแรม ให้บริการลูกเสือ – เนตรนารี และบุคคลทั่วไป ทั้งนี้มีกิจกรรมเสริมในด้านการสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์ทรัพยากร ดิน น้ำ ป่า ตามแนวพระราชดำริขององค์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และเพื่อสร้างคุณธรรมจริยธรรมแก่เยาวชน
ค่ายแทนคุณ ได้รับการสนับสนุนการดำเนินกิจกรรมด้านวิชาการ ด้านอาคารสถานที่ กิจกรรม โดย รศ.ดร.เทพ พงษ์พานิช อธิการบดีมหาวิทยาลัยแม่โจ้ บุคลากรทุกฝ่ายที่มีส่วนเกี่ยวข้อง เป็นผู้ที่ได้ตอบแทนพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและตอบแทนคุณของแผ่นดินอย่างแท้จริง