ฟาร์มมหาวิทยาลัยเป็นหน่วยงานวิสาหกิจที่อยู่ในมหาวิทยาลัยแม่โจ้ โดยเริ่มจากมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 8/2549 เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2549 ได้พิจารณาแล้วมีมติเห็นชอบในหลักการ ให้จัดตั้งสำนักฟาร์มมหาวิทยาลัย โดยให้รวบรวมโครงการต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยที่มีลักษณะใกล้เคียงกันไว้ในหน่วยงานนี้ เช่น โครงการพัฒนาบ้านโปง อันเนื่องมาจากพระราชดำริ, โครงการอุทยานเกษตรและฟาร์มมหาวิทยาลัย อำเภอพร้าว, ศูนย์พัฒนาการท่องเที่ยวเกษตรเชิงนิเวศ เป็นต้น ทั้งนี้ ให้มหาวิทยาลัยหารือร่วมกับหน่วยงานดังกล่าวเพื่อร่วมเป็นสำนักฟาร์ม มหาวิทยาลัย แล้วแจ้งให้สภามหาวิทยาลัยทราบ นั้นฟาร์มมหาวิทยาลัยเพื่อให้เป็นแหล่งเรียนรู้และหารายได้ตามพันธกิจของมหาวิทยาลัยการผลิตบัณฑิตทางการเกษตรให้มีคุณภาพนักศึกษาต้องมีการเรียนรู้ทั้งภาคทฤษฏีและภาคปฏิบัติเพื่อให้เข้าใจเรื่องระบบการทำฟาร์มเพื่อออกไป เป็นผู้ประกอบการเริ่มต้นตั้งแต่ การเตรียมดิน การเตรียมปุ๋ย การเตรียมปัจจัยการผลิตต่าง ๆ การดูแลรักษาในระบบเกษตรประณีต การใช้จุลินทรีย์และสารสกัดสมุนไพรเพื่อป้องกันและควบคุมศัตรูพืช ตลอดจนถึงการเก็บเกี่ยว การบรรจุหีบห่อ หรือการแปรรูปผลิตภัณฑ์ การจัดการด้านตลาดเพื่อจำหน่ายซึ่งเป็นการทำการเกษตรแบบครบวงจร เป็นแหล่งเรียนรู้ทางด้านเกษตรในภาคเหนือของประเทศ
มหาวิทยาลัยแม่โจ้เป็นมหาวิทยาลัยทางการเกษตรที่เก่าแก่ที่สุด จำเป็นต้องดำเนินการให้เป็นแบบอย่างแก่นักศึกษาและประชาชน โดยเฉพาะนักศึกษาที่เรียนวิชาเกษตรจำเป็นต้องรู้ จำเป็นต้องปฏิบัติจริง เพื่อออกไปเป็นผู้ประกอบการที่มีคุณภาพในอนาคต หรือออกไปเป็นผู้จัดการฟาร์มของตนเองหรือบริษัทก็ตาม จำเป็นต้องให้มีการฝึกงานจนรู้เรื่องอย่างครบวงจรคือรู้จักการวางแผน รู้จักการผลิต รู้เรื่องกระบวนการหลังการเก็บเกี่ยว รู้จักการแปรรูป และรู้จักการตลาด การจัดตั้งฟาร์มมหาวิทยาลัยจึงเป็นสนองพันธกิจของมหาวิทยาลัยโดยเฉพาะ มหาวิทยาลัยที่มีการศึกษาทางด้านการเกษตรและอื่นๆ